OS X Yosemite のLaunchpad から特定のアプリを削除しようとすると他のものまで巻き添えで消してしまうというバグが発見されたそうです。
僕はそのアプリをインストールしていませんが、今の所「Coffitivity」というアプリがその引き金になっているものの一つだそうです。
実際このアプリが悪いわけではなくYosemite側のバグであるようです。作者さんいい迷惑ですよね。
現在、OS X 10.10.1 のベータ版がリリースされているので、そのうちアップデートされると思いますが、バグが修正されるまで「Launchpad」からのアプリ削除はしないほうがよさそうですね。